Serinin üçüncü filminde X-Men topluluğu bir seçimle karşı karşıya kalacaktır. İnsanların bulmuş olduğu tedavi yöntemiyle mutantlar insanlar gibi hayatlarına kaldıkları yerden devam edebileceklerdir. Mutantların liderleri Charles Xavier ve Magneto arasında, mutantları insanlardan ayıran inanılmaz özelliklerinden kurtulup kurtulmamaları arasında bir görüş çatışması olmuştur. Bu ise son bir savaşın temellerini atmıştır. Bu savaş şimdiye kadarki en büyük savaş olmasının yanında son olacaktır.