Ajan K, son görevinden sonra Man in Black'i bırakarak sivil hayata geri döner.Eski günlerine dair hiç bir şey hatırlamayan ajan yinede mesleğinin en iyi ajanlarından birisidir.Ajan J ise tek başına görevine devam etmekde olup çok gizli bir dosyanın üzerinde araştırma yapmaktadır.Ancak araştırmış olduğu davanın derinlerine indikçe altında yatan sırların bir hayli tehlikeli olduğunu farkeder.Ve bu davayı tek başına çözemiyeceğini anlayan Ajan J, eski ortağı Ajan K'yi geri döndürmek için ikna etmeye çalışacaktır.