1999 yılında, Filipinler'de eski zamanlarda yaşamış olan yaratıklara ait fosil kalıntıları bulunur. Bu olaydan kısa bir süre sonra Japonya'da nükleer bir felaket yaşanır. Nükleer felaketin yaşandığı bölge güvenlik nedeniyle boşaltılır. Santralde çalışan Amerikalı Joe Brody, bu felaketin bir deprem olmadığına inanır. Oğlu Ford, askeri kuvvetlere katıldıktan sonra ilk düşüncesi Japonya'ya geri dönerek babasını alıp Amerika'ya getirmek olur. Ancak Joe, bu işin peşini bırakmamıştır ve 15 yıl önceki alametlerin tekrar yayıldığını farkeder. Patlayan santralde bulunan bir yaratık nükleer enerjiden beslenerek etrafındaki herşeyi yok etmeye başlar. Canavarı durdurmak için Amerikan ordusu harekete geçer. Bu sırada Ichrio Serizawa tarihöncesi çağlardan bu yana varolan efsanevi yaratık Godzilla'yı keşfeder. Devasa canavar Godzilla uykusundan uyanıp kendisine yapılanların intikamını almak harekete geçer!